Прошло три десятилетия с момента последней глобальной войны. Столица Японии была стерта с лица земли ядерными ударами, но на ее месте вырос Нью-Токио. На первый взгляд, в городе царит порядок, но за фасадом скрывается государство, все больше напоминающее диктаторский режим. Любое инакомыслие здесь подавляется с беспощадной жестокостью.
В секретных лабораториях идут эксперименты, цель которых — раскрыть скрытые возможности человеческой психики. Эти исследования должны привести к созданию оружия, не имеющего аналогов. Военные, возглавляемые полковником Сикисимой, курирующим проект по биологическим разработкам, все чаще сталкиваются с официальными властями.
Тем временем по всей стране ширится странное религиозное движение. Его последователи верят в пришествие сверхсущества по имени Акира. Они убеждены, что только он способен вывести Японию из тени прошлого и указать путь к будущему.